Tijdens de Eerste Wereldoorlog wordt agent Brodie er op uit gestuurd om in Zwitserland een afvallige geheim agent op te sporen en vermoorden. Hiervoor krijgt hij de hulp van de Spaanse beroepsmoordenaar The General. In Zwitserland zal hij ook nog een vrouw ontmoeten, waarna ze zich voor kunnen doen als een koppelje onder de naam Ashenden. Zijn aangewezen vrouwtje Elsa blijkt echter meer geinteresseerd in de mannelijke cliëntele van het hotel dan in haar missie. Een scharreltje heeft ze dan ook snel geregeld. Doordat er wat te opzichtig wordt gemoord in de Zwitserse bergen komt Ashenden al snel op het spoor van de geheim agent. Nadat The General deze man vakkundig om heeft weten te leggen blijkt echter dat ze de verkeerde vermoord hebben. Elsa heeft schijnbaar veel gevoelens voor Ashenden ontwikkelt en wil met hem terug naar Engeland, maar Ashenden krijgt een nieuwe clue. De geheim agent is het scharreltje van Elsa, wat zij niet kan geloven. De geheim agent probeert naar neutrale gronden te vluchten, maar Ashenden en The General zitten hem op de hielen. Zoals vaker bij Hitchcock eindigt deze film met scènes in een trein.
Secret Agent is wederom een vakkundige vroege Hitchcock thriller. Zowel het verhaal als het acteerwerk van de hoofdpersonen weten goed te vermaken. Vooral The General is meer dan vermakelijk met zijn matige Engels en rare gebruiken. Hoewel de humor in de film meer dan gemiddeld aanwezig is, verveelt deze nooit. Minder geslaagd is de liefdesrelatie tussen Elsa en de geheim agent. Heel veel meer is er over Secret Agent niet te vertellen. Gewoon een degelijke Hitchcock.